Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) merupakan badan internal UIN Maliki Malang yang berfungsi membangun sistem penjaminan mutu akademik pada setiap level, mulai dari level pengelola Universitas: Rektorat, Biro, Bagian dan sub Bagian administrasi, Lembaga & Pusat (Pelaksana Teknis), Pascasarjana, level pengelola Fakultas; dekanat, jurusan/program studi, laboratorium, studio, bengkel, bagian dan sub bagian administrasi.

Prinsip sistem penjaminan mutu internal berdasarkan pada pedoman dan landasan hukum pelaksanaan sistem penjaminan mutu yang meliputi; (1) Otonom, (2) terstandar, (3) akurasi dalam pengambilan keputusan, (4) berencana dan berkelanjutan, (5) berorientasi pada kepuasan pengguna, (6) merawat inovasi dan kreasi, menjaga tradisi luhur, (7) Melibatkan seluruh unsur dan (8) Pendekatan proses